普湾新区根据发展需要和功能区特点，按照大连市委、市政府提出的在管理体制、机构设置、干部队伍建设与管理等方面先试、先行、先示范的要求，围绕大连市空间布局调整和城市组团化发展要求，创新管理体制，强化功能区带动作用，建立了功能区与行政区协同发展、资源共享、优势互补的区域管理体制和运行机制。

　　新区设立了党工委和管委会，作为大连市委、市政府的派出机关。普湾新区管委会与普兰店市政府合署办公，同时挂“大连普湾新区管委会”和“普兰店市人民政府”的牌子，普湾新区管委会相关工作部门与普兰店市人民政府相关工作部门进行精编整合。在新区建设初期，先组建规划、开发、建设、招商等急需的部门，与普兰店市相同部门合署办公。普兰店市其他部门仍承担普湾新区相关事务。今后随发展需要，功能区与行政区逐步实现机构精干、规格统一的一体化运作模式。

　　目前，普湾新区党工委、管委会共设置6个工作部门，级格为大连市副局级。分别是：党工委、管委会办公室，与政策研究室合署办公；财政局；经济发展局；规划局，与大连市规划局普湾新区分局合署办公；城市建设管理与行政执法局；土地房屋局，与大连市国土资源和房屋局普湾新区国土资源分局合署办公，挂海洋与渔业局牌子。

　　另外，普湾新区根据产业园区状况，设置4个产业园区管委会，级格为大连市副局级，为大连市人民政府派出机构，由普湾新区管理。分别是:普兰店经济开发区管委会；松木岛化工园区管委会；三十里堡临港工业区管委会；炮台经济开发区管委会。